2007年11月15日，中国科技信息研究所在京公布2006年度中国科技论文统计结果，同时发布了第六届中国百种杰出学术期刊。第六届中国百种杰出学术期刊有包括《中国科学》、《科学快报》等101中期刊入选，《西安交通大学学报》（自然版）这已经是第4次名列其中。
                   
    中国百种杰出学术期刊是中国科技信息研究所基于2006年度中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）的数据，以期刊的学术影响力指标——总引文频次、影响因子、他引总引比等为依据，结合专家评审确定的，每年评选一次。评价的期刊范围包括在中国境内出版的、具有正式出版许可证的中英文科技类学术期刊，目的是提升我国学术期刊的品牌和影响力，促进其学术期刊与我国科学技术的发展协调发展。据统计，在百种杰出学术期刊中主办地在北京的占70%，按学科划分，医药卫生类28种，理工57种，农林生态16种。《西安交通大学学报》（自然版）2006年的影响因子为0.477（2005年为0.413），总引文频次为1254（2005年为996），他引比为94%，各项学术影响指标都有所提高。