4月29日至5月3日，财政部国有资产清查专项审计检查组一行5人到二附院进行专项审计检查。
    检查组经过紧张工作，对二附院的国有资产清查工作进行了全面检查，对资产数据报表、资产损益证据、相关资料等进行核实，对截至到2006年12月31日的各种银行帐户、会计科目、各类库存现金、有价证券及各项资金往来等基本帐务情况进行全面核实，核对帐帐、帐证、帐表和帐实是否相等，并到医疗区对大型仪器设备进行抽查，对二附院清查出的各种资产盘盈、盘亏、资金挂帐及坏帐等资产损益情况，按照国家资产清查政策和有关财务、会计制度规定的损益标准，在充分论证的基础上进行职业推断和客观评判，出具鉴证意见。最后在综合的基础上出具专项审计报告和汇总审计报告。
    5月3日下午，检查组对检查结果进行总结反馈。二附院领导王子明、程延安、张军、李宗芳及相关科室负责人参加了总结反馈会。检查组长黄发强及小组成员对二附院的国有资产清查工作给予充分肯定，认为二附院作为卫生部属大型综合三级甲等医院，对国有资产的管理工作较为完善，有比较健全的规章制度，资产清查工作开展得全面有效，深入扎实，取得了明显成效。检查组要求二附院在财务管理、会计管理、综合管理和财务监管方面更加完善地做好工作，保证国有资产的完整。
    二附院王子明院长对检查组放弃“五一”休息时间进行专项检查表示感谢，指出检查组全面细致的检查，对促进二附院国有资产的管理起到了很好的示范作用。针对检查组提出的指导性意见，王院长表示会尽快召开专题会议加以落实，使国有资产管理工作做得更好。
    会议结束后，检查组还与二附院财务部、国资办、药剂科的人员就有关问题进行了探讨，提出了解决办法。